Igazából mindegy, ez ízléstől függ,  mindenesetre ha döntünk, úgy érdemes a választott verziót “erőltetni”. A Google is külön-külön méri a www-s és nem www-s változatot.
Ezt egyszerűen elérhetjük a .htaccess* fájl módosításával.
Az alábbi példában – itt a nem www-s verziót választottuk – ha a host nem a www nélküli verzió, akkor rögtön átirányítja oda.

<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine on 
RewriteCond %{HTTP_HOST} !^mydomain\.com [NC]
RewriteRule ^/?(.*)$ http://mydomain.com/$1 [L,R=301]
</IfModule>

És fordítva:

<Module mod_rewrite.c>;
RewriteEngine on 
RewriteCond %{HTTP_HOST} !^www\.mydomain\.com [NC]
RewriteRule ^/?(.*)$ http://www.mydomain.com/$1 [L,R=301]
</IfModule>

* .htaccess-ről bővebben itt:
http://htaccess.petertoth.hu/tartalomjegyzek/,
és itt:
http://www.tutorial.hu/a-hasznos-htaccess-fajl/,
és “közvetlenül a gyártónál”:
http://httpd.apache.org/docs/2.4/howto/htaccess.html